Ο Καθηγητής Κωνσταντίνος Ζοπουνίδης ξεκίνησε την ακαδημαϊκή του σταδιοδρομία με την απόκτηση του διδακτορικού διπλώματος από το Université de Paris-Dauphine το 1986. Στο Πολυτεχνείο Κρήτης εκλέχθηκε ως Επίκουρος Καθηγητής το 1990, ενώ από το 1998 κατέχει τη βαθμίδα του Καθηγητή.
Στην πολύχρονη ακαδημαϊκή πορεία του έχει αναπτύξει ένα πολύπλευρο και εξαιρετικά πλούσιο ερευνητικό έργο, στον ευρύτερο χώρο της διοικητικής επιστήμης, με έμφαση στην ανάπτυξη αναλυτικών εργαλείων και συστημάτων λήψης αποφάσεων και των εφαρμογών τους στα χρηματοοικονομικά και άλλα πεδία της διοίκησης επιχειρήσεων και οργανισμών.
Θεωρείται διεθνώς ένας από τους πλέον αναγνωρισμένους ερευνητές στο πεδίο της πολυκριτήριας ανάλυσης αποφάσεων, συνεισφέροντας στην ανάπτυξη νέων μεθοδολογιών υποστήριξης και λήψης αποφάσεων, το σχεδιασμό πληροφοριακών συστημάτων υποστήριξης διοικητικών αποφάσεων, και των πρακτικών τους εφαρμογών, κυρίως στο πεδίο της χρηματοοικονομικής.
Το ερευνητικό του έργο στα πεδία αυτά είναι πλούσιο και υψηλής ποιότητας. Συνολικά έχει περισσότερες από 500 δημοσιευμένες εργασίες, έχει συμμετάσχει στη συγγραφή περισσότερων από 95 βιβλίων και συλλογικών τόμων και έχει επιμεληθεί άνω των 40 ειδικών τευχών σε έγκριτα επιστημονικά περιοδικά. Επίσης, είναι υπεύθυνος έκδοσης (editor in chief) 5 επιστημονικών περιοδικών και συμμετέχει στην επιστημονική επιτροπή (editorial board) σε πλήθος άλλων (περισσότερα των 10). Τέλος, είναι υπεύθυνος έκδοσης σε δύο σειρές βιβλίων του εκδοτικού οίκου Springer.
Η ευρεία αναγνώριση του επιστημονικού του έργου είναι άμεσα εμφανής από το υψηλό αριθμό αναφορών που έχει συγκεντρώσει έως σήμερα. Ενδεικτικά αναφέρεται ότι σύμφωνα με τη βάση Scopus έχει περισσότερες από 2.500 ετεροαναφορές (h-index 31), ενώ πρόσφατα ξεπέρασε και το «όριο» των 10.000 αναφορών στο Google Scholar (σήμερα 12815, h-index 62). Το ερευνητικό του έργο έχει λάβει χρηματοδότηση από διεθνείς και εθνικούς δημόσιους φορείς αλλά και επιχειρήσεις.
Η αναγνώριση του έργου του Καθηγητή Ζοπουνίδη, καταδεικνύεται επιπλέον από το πλήθος βραβεύσεων που έχει λάβει από εθνικές και διεθνείς επιστημονικές ενώσεις και οργανισμούς. Χαρακτηριστικά αναφέρονται το Χρυσό Μετάλλιο της Ελληνικής Εταιρίας Επιχειρησιακών Ερευνών (2009), το MCDM Edgeworth-Pareto Award της International Society of Multiple Criteria Decision Making (2013), καθώς και η ανακήρυξή του ως μέλος της Royal Academy of Economic and Financial Sciences of Spain (2012), στην οποία, μεταξύ άλλων, συμμετέχουν και 9 Νομπελίστες.
Ο Καθηγητής Κωνσταντίνος Ζοπουνίδης έχει διατελέσει επισκέπτης καθηγητής Πανεπιστήμια του εξωτερικού (Université de Rouen, Ecole Supérieure de Commerce de Paris, University of Paris Dauphine, Faculté Polytechnique de Mons), ενώ από το 2012 είναι Distinguished Research Professor στο Audencia Business School.